Advance/ProteinDF - タンパク質量子化学計算ソフトウェア

	タンパク質を丸ごと量子化学計算できる Advance/ProteinDF

タンパク質の全電子状態を精度良く求めたい 金属イオンの酸化還元によるタンパク質の電子状態の変化が知りたい タンパク質全体の分子軌道がみたい タンパク質の反応部位が知りたい ミューテーション等によるタンパク質設計の際の指針が欲しい

タンパク質は生体の中で様々な機能を示します。機能を理解するためには、場合によっては、電子の振る舞いをきちんと把握する必要が生じます。この場合、大規模な分子であるタンパク質の電子状態をできるだけ正確に把握する必要があります。

Advance/ProteinDFシステムは、このようなご要望のサポートをします。

シトクロムｃのHOMO	インスリンの静電ポテンシャル

概要

Advance/ProteinDFシステムは、ソルバのProteinDFとGUIプログラムProteinEditorとで構成されます。

ProteinDFの概要

1. Gauss型基底を用いた密度汎関数法(DFT)計算
2. RI (Resolution of Identity)法による高速計算
3. 高精度な初期軌道の作成プログラム(QCLO)
4. MPIによる並列化計算
5. メモリ分散処理により、PCクラスタで巨大分子系の全電子計算が可能

ProteinEditorの概要

1. 使いやすいユーザーインターフェース
2. 全電子カノニカル計算・プリポスト処理の実行
3. 分子グラフィックスの高速描画
4. 分子骨格表示、主鎖骨格表示
5. ミューテーション機能
6. 水素原子付加
7. 水素結合表示
8. 原子衝突表示
9. 構造妥当性評価
10. 古典分子力場による簡易構造緩和
11. Advance/ProteinDF用入力ファイル作成
12. 分子軌道の等値面表示
13. タンパク質表面上の静電ポテンシャルの表示
14. マリケン電荷の表示

バージョン情報

Advance/ProteinDFの最新バージョンは 2.0 です。

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