フラグメント分子軌道計算ソフトウェア ADBS(Advance/BioStation) －よくあるご質問
ABINIT-MP関連
- エラーメッセージ Invalid number of fragment electrons Fragment No. ....
- エラーメッセージ Core memory allocation was failed.
- エラーメッセージ !!! Invalid data !!!
- エラーメッセージ Self-Consistent Charge (SCC) iteration is not completed.
- cpfファイルが大きすぎて扱いにくい
- エラーメッセージ cannot connect to local mpd (Linux版)
BioStation Viewer関連
インストール・ライセンス関連
| エラーメッセージ Invalid number of fragment electrons Fragment No. ....が表示される |
| HFもしくはMP2計算では、フラグメント内の電子数が奇数の場合に上記のエラーメッセージを出して計算が異常終了します。対応するフラグメントの分子構造に原子欠損があるなど、分子構造の不具合が考えられます。UHF計算の場合、正しいスピン多重度をMultで設定をしないと、上記エラーが表示されます。 |
| エラーメッセージ Core memory allocation was failedが表示される |
| システムのメモリ容量以上を計算に割り当ててしまう場合に、上記エラーが生じます。入力パラメータMemoryの値を小さくして再度計算を行ってください。 |
| エラーメッセージ !!!Invalid data !!! が表示される |
| フラグメント自動分割で異常が起きた場合に表示されます。立体構造中に原子欠損がないか、ご確認ください。 |
| エラーメッセージ Self-Consistent Charge (SCC) iteration is not completed. |
| 上記エラーメッセージは、 Self-Consistent Charge計算が収束しなかった場合に表示されます。立体構造の大きな歪みや、原子同士の距離が極端に接近していないかどうか、ご確認ください。 |
| cpfファイルが大きすぎて扱いにくい |
| ABINIT-MPプログラムが作成するcpfファイルは、立体構造によって、数百Mバイト～数Ｇバイトと非常に大きなファイルになる場合があります。BioStationViewerで相互作用エネルギーや電荷分布のみ調べたい場合、製品に含まれるheadcpfプログラムでcpfファイルに含まれる分子軌道のデータを除去したcpfファイルを作成しますと、ファイルが扱いやすくなります。headcpfプログラムを通したcpfファイルのサイズは元の1/100程度です。 |
| エラーメッセージ cannot connect to local mpd (Linux版) |
| Linux版で並列計算を行う際、mpdbootプログラムでmpdを立ち上げていない場合に上記のエラーメッセージが表示されます。mpdを起動し、再度ABINIT-MPプログラムを実行してください。詳しくはインストールマニュアル（7ページ）をご参照ください。 |
| マウスの基本的な操作方法 | |||||||||||||||
BioStation Viewerのマウス基本操作は次の通りです（例：左ドラッグは、マウスの左ボタンをクリックしたまま、画面上でマウスを動かす動作を表します。マウスボタンはWindows標準を想定しています）。
|
| 画面動作が非常に重い |
| マシン環境によっては、大きな蛋白質の立体構造表示を「Model」→「Ball&Stick」・「CPK」で選択すると、CPU負荷が大きくなり、画面動作が極端に重くなる場合があります。この場合は、CPU負荷の軽い「Wire frame」あるいは「Cα」表示をご利用ください。 |
| 画面操作中、突然動かなくなりました |
|
巨大な蛋白質を表示操作中に、突然動かなくなる・あるいはおかしな挙動を示すようになる場合があります。BiioStationViewerの利用メモリーを増やすことでエラーを回避できます。 (設定方法) BioStationViewer.batファイルをメモ帳などで開きます。 -Xmx512M (デフォルト 512M バイト)を -Xmx1024M (1024M バイト)などに変更します。 |
| 表示した構造を画像ファイルで保存したい |
| BioStationViewerで表示した立体構造の画像を保存する場合は、メニュー「File」→「Save」から「Files of types」を「Image file(.jpg .png)」を選択し、ファイル拡張子をJPGあるいはPNGとして保存することでJPG形式あるいはPNG形式で画像を保存できます。 |
| 立体構造をより綺麗に表示したい |
| 蛋白質の線・チューブ表示の太さを変えたり、原子のボール表示の解像度を上げて綺麗に表示させたい場合には、メニュー「Preference」→「Set Preferece」→「Resolution」を選択し、各種設定の値を変更し、「Apply」を押します。値を大きくすると、動作が若干重くなります。 |
| 画面上のxyz座標軸を消したい |
| メニュー「Preference」→「Display Axis」→「Disable」を選択します。 |
| FLEXnet License Finderが表示される(Windows版) |
| ABINIT-MPプログラム実行時に上記の表示が出る場合は、ライセンスサーバーが正しく起動されておりません。ライセンスファイルおよびライセンスサーバーの設定・起動をご確認ください。 |
このカテゴリの記事一覧
