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2005年9月号

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┃★月刊Advance News  2005年 9月号
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 ■目次
 ▽今月のTOPICS
   ▲Advance/BioStationにおけるドッキング機能
 ▽イベントのご案内
   ▲国立情報学研究所様主催 -計算科学技術シンポジウム-
   「次世代スーパーコンピュータとシミュレーションの革新」の紹介
   ▲社団法人日本機械学会様主催 2005年度年次大会 機器展示会出展
 ▽書籍案内
   ▲フラグメント分子軌道法入門
 
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│1. 今月のTOPICS
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 アドバンスソフト株式会社は、文部科学省ITプログラム「戦略的基盤ソフト
ウェアの開発」プロジェクトに携わっている民間企業です。バイオ・ナノ
シミュレーション、熱・流体解析、構造解析、統合プラットフォーム等の
次世代シミュレーションソフトウェアの開発を東京大学生産技術研究所計算
科学技術連携研究センターから受託し行なっています。

 さて、今月のTOPICSは当社がご提供する「Advance/BioStation」の
追加機能として開発を進めております「BioStation Dock」について
ご紹介いたします。

 BioStationは、タンパク質-化学物質の相互作用を解析するソフトウェア
です。現在私たちは、今後創薬等での積極的活用が予想される従来より
精度の高いコンピュータスクリーニングを実現するBioStation Dock、及び
スクリーニングから詳細な相互作用解析及び結果表示までを統一された
使い易い操作で活用できる統合GUI(プラットフォーム)BioStation Launcher
の開発を進めています。
 BioStation Dockは、力場としてXUFF(Extended Universal Force Field)
を、探索アルゴリズムとしてレプリカ交換法を用います。XUFFは、従来から
あるUFFと電荷の分布を決定するMQEq法による静電項を組み合わせた
ポテンシャルです。
この力場は分子の変形、他の分子が近接したことによる影響を考慮した
電荷分布を決定できます。そのため、医薬品等の開発で、固定の電荷を
与える力場よりも良好な結果を得られると期待されています。
レプリカ交換法は、多数の異なる温度でレプリカのMCシミュレーションを
平行して行い、時折各レプリカの温度を、その温度と分子系のエネルギー
で決まる確率で交換します。
そのため、焼きなまし法における温度変更の自動スケジューリングが実現
可能です。
 本ソフトウェアは文部科学省ITプログラム「戦略的基盤ソフトウェアの
開発」(FSIS)プロジェクトの一環として、開発され、当社が現在販売して
おります、Advance/BioStation の追加モジュールとして、サポートご提供
していく予定です。

 ▲今回のTOPICSは、予定を変更して「Advance/BioStation」のご紹介を
させていただきました。次回は、「Advance/PHASE」をご紹介させていただく
予定です。

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│2. イベントのご案内
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1. 国立情報学研究所様主催 -計算科学技術シンポジウム-
  「次世代スーパーコンピュータとシミュレーションの革新」 の紹介

 来る9月26日(月)~9月28日(水)に国立情報学研究所様主催の”計算科学
技術シンポジウム”が開催されます。このシンポジウムは文部科学省がプロジェクト
化を検討中の 次世代スーパーコンピュータ の開発における開発利用プロジェクト
推進のためのシンポジウムとして開催されます。
3日間に及ぶシンポジウムでは、産学官から第一線で活躍しておられる研究者や
開発者の皆様からの計27セッションに及ぶ発表やパネルディスカッションを無料で
聴講することが可能となっています。
また、アドバンスソフト社では、代表取締役社長の小池秀耀が28日(水)開催の
第5部で発表させていただけることとなっております。歴史のある日本企業様と並び
アドバンスソフト社に発表の機会をいただけましたこと、この場を借りてお礼を
申し上げます。
現在そして近未来における日本のコンピュータ・サイエンスの動向を知る上でも、
非常に重要な本シンポジウムの聴講の申し込みに関しましては、9月16日(金)
締め切りでWebサイトよりオンライン登録が可能となっています。
シンポジウムに関する情報、参加登録は国立情報学研究所ホームページ内に紹介
されていますので、ご覧くださいますようお願い申し上げます。

名称:計算科学技術シンポジウム
「次世代スーパーコンピュータとシミュレーションの革新」
主催:国立情報学研究所
共催:文部科学省
会期:2005年9月26日(月)~9月28日(水)
9月26日(月)
【第1部 : 計算科学技術の未来】
・基調講演/パネルディスカッション
・懇親会(懇親会参加は有料)
9月27日(火)
【第2部 : シミュレーションの革新による
                       知的ものづくりへの挑戦】
【第3部 : シミュレーション・サイエンス
と科学的未来設計】
9月28日(水)
【第4部 : 計算科学技術を発展させるための
ナショナル・リーダシップ・スパコン】
【第5部:ナショナル・リーダシップ・スパコン
実現に向けて】
会場:御殿山ヒルズ ホテルラフォーレ東京 御殿山ホール
参加費:無料(懇親会:有料)
詳細URL:http://www.nii.ac.jp/csts/

2. 社団法人日本機械学会 2005年度年次大会 機器展示会出展
来る2005年9月19日(月)~22日(木) におきまして、社団法人日本機械学会
様主催の2005年度年次大会が開催されます。アドバンスソフト社は、
大会内に設置される機器展示会(9月20日(火)~9月22日(木))に
参加し、弊社担当者が、製品のご紹介をさせていただきます。
社団法人日本機械学会 2005年度年次大会は、市民開放行事、聴講有料の講演会
など多岐にわたっております。大会へのご参加に関しての詳しい情報は、
学会のホームページをご覧くださいますようお願い申し上げます。

 名称:社団法人日本機械学会 2005年度年次大会
機器展示会
 主催:社団法人日本機械学会
 会期:2005年9月19日(月)~22日(木)
 会場:電気通信大学(東京都調布市)
 詳細URL: http://www.jsme.or.jp/2005am/

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│3. 書籍のご案内
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文部科学省ITプログラム「戦略的基盤ソフトウェアの開発」プロジェクトの
ソフトウェア活用に役立つ書籍をご案内します。

タイトル:フラグメント分子軌道法入門 
    ― ABNIT-MPによるタンパク質の非経験的量子化学計算 ―
     (ISBN 4-9902143-1-5)
概要:「本書は、タンパク質や DNA などの巨大分子や多数の分子を含む系のエ
ネルギーを高速にかつ高精度で計算する非経験的フラグメント分子軌道法
(ab initio FMO 法)を実装したソフトウェアの解説書です。
付属の CD-ROM にはソフトウェアがサンプルデータとともに収録されているので、
本文の記述にしたがって実際にソフトウェアを使用しながら、ab initio FMO 法に
よる解析方法を学ぶことができます。例題もパソコン一台でも計算できるように
選ばれ、また、本書の最終章で、大規模な計算の例としてエストロゲン受容体と
エストロゲン類似分子の解析を紹介しています。‥‥」

詳細はこちら↓
 http://www.advancesoft.jp/service/public/book2.html
ご購入に関してはこちら↓
 http://www.advancesoft.jp/service/public/index.cgi

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│4. アドバンスソフト株式会社についてhttp://www.advancesoft.jp/
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 アドバンスソフト株式会社は、文部科学省のITプログラム「戦略的基盤
ソフトウェアの開発」プロジェクトを推進する民間企業として設立されました。
バイオ・ナノシミュレーション、熱・流体解析、構造解析、統合プラット
フォーム等、次世代シミュレーションソフトウェアの開発を東京大学生産
技術研究所計算科学技術連携研究センターと共に行なっております。
詳しい情報につきましては、ホームページをご覧ください。

 Advance/ProteinDF、Advance/BioStation、Advance/pSAN、
Advance/FrontFlow/red、Advance/FrontFlow/blue、Advance/PHASEは
東京大学生産技術研究所計算科学技術連携研究センターが実施した
文部科学省ITプログラム「戦略的基盤ソフトウェアの開発」プロジェクトの
成果(ソフトウェア)をアドバンスソフト株式会社が独自に改良したものです。
アドバンスソフト株式会社は「戦略的基盤ソフトウェアの開発」 プロジェクト
に参加しソフトウェアの開発を行いました。
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発行:アドバンスソフト株式会社   http://www.advancesoft.jp/
〒107-0052 東京都港区赤坂一丁目9番20号 第16興和ビル南館
TEL:03-5570-1680(代表) FAX:03-5570-1684
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