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2005年11月号

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┃★月刊Advance News  2005年 11月号
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 ■目次
 ▽今月のTOPICS
   ▲タンパク質量子計算の背景
 ▽イベントのご案内
   ▲次世代デジタルエンジニアリングセミナー
 ▽計算事例集のご案内
   ▲Protein DFによるタンパク質量子化学計算事例集
 
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│1. 今月のTOPICS
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 アドバンスソフト株式会社は、文部科学省ITプログラム「戦略的革新シミュ
レーションソフトウェアの研究開発」プロジェクトに携わっている民間企業です。
バイオ・ナノシミュレーション、熱・流体解析、構造解析、統合プラットフォーム等
の次世代シミュレーションソフトウェアの開発を東京大学生産技術研究所計算
科学技術連携研究センターから受託し行なっています。

 「今月のトピックス」では、今回から4回連載で、Advance/ProteinDF
についてご紹介いたします。第1回の今回はタンパク質の解析において
量子計算が必要とされるに至った背景について、ご紹介致します。
次回以降につきましては、第2回:タンパク質全電子計算の必要性、
第3回:Advance/ProteinDFの特長、第4回:Advance/ProteinDF今後の夢 
というテーマでご紹介の予定です。

ProteinDFのご紹介:第1回:タンパク質量子計算の背景
 皆さんがご存知のとおり、タンパク質は、生物の生命活動の中でさまざまな
働きをしています。例えば、・化学反応の触媒としての働き(酵素)、
・DNA情報の受け渡し(RNAポリメラ―ゼ)、・運動(アクチン、ミオシン)、
・酸素を運ぶ(ヘモグロビン等)、などなど…。
「生物の活動は全て、タンパク質によって支えられている」といっても過言では
ないでしょう。
 生命活動の鍵を握るたんぱく質は、生物学、生化学、医学、薬学、
食品工学など、多様な分野で注目され、研究されてきました。タンパク質の
構造に着目した研究が本格的に開始されたのは、X線解析装置等が発達
した1950年代後半に入ってからのことです。
 構造の解明が進むに従って、例えば酵素反応で基質がドッキングするか
否かは、主にタンパク質の構造によって決定されることが分かってきました。
また反応に伴うタンパク質のゆっくりとした構造変化が重要であることも
分かってきました。
 このような背景のもと、タンパク質のシミュレーションに力を発揮したのが、
古典力学(古典論)に基づいた分子動力学法によるシミュレーションです。
このシミュレーションでは、タンパク質のゆっくりとした構造変化を追跡する
こともできるからです。
 一方、タンパク質がその機能を発揮する際、何らかの化学反応を伴います。
化学反応とは、反応の対象となる物質間で電子やエネルギーのやり取りが
行われることです。化学反応を取り扱うためには、物質の中に存在する電子
をきちんと取り扱う必要が生じます。古典力学の範疇では電子を直接的に扱う
ことはできないため、量子力学(量子論)という新しい概念を導入し、個々の
電子の振る舞いを扱う必要があります。すなわち化学反応に目を向けた場合は、
必然的にタンパク質を量子論的に取り扱わざるをえなくなるのです。

 ▲次回は、量子計算ソフトの現状と問題点、ProteinDF開発の必要性に
ついてご説明します。
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│2. イベントのご案内
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株式会社日立製作所様との共同企画
 「次世代デジタルエンジニアリングセミナー
-ものづくりイノベーションによる産業競争力の強化-」のご案内

 株式会社日立製作所・アドバンスソフト株式会社主催による「次世代デジタル
エンジニアリングセミナー」を開催させていただける運びとなりました。
 これからの社会の要請に応えるべく、今後のものづくりイノベーションを
支えるデジタルエンジニアリングシステムの方向について展望するとともに、
それらを実現するための具体的技術の内容について紹介・提案し、
皆様からのご助言、ご意見を承ることを目的としております。
 特に現在のCAD,CAEを中心としたDEシステムに課題をお持ちの方々
のご参加を歓迎致します。

名称:次世代デジタルエンジニアリングセミナー
-ものづくりイノベーションによる産業競争力の強化-
主催:株式会社日立製作所・アドバンスソフト株式会社
会期:2005年11月24日(木) 13:30 - 17:30
会場:日本自転車会館 3号館9階 大会議室
参加費:無料
参加申込:必要事項(1)から8)まで)をご明記の上、電子メール
        にてお申し込みください。
 必要事項:1)ご氏名、ふりがな 2)所属機関 3)所属部署 4)役職
        5)ご住所 6)電話番号 7)FAX番号 8)メールアドレス 
 送 付 先:「第1回 次世代デジタルエンジニアリングセミナー」
       事務局 :山本(日立)/堀内(アドバンスソフト)
       E-mail:jimukyoku@advancesoft.jp
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│3. 計算事例集のご案内
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文部科学省ITプログラム「戦略的基盤ソフトウェアの開発」プロジェクトの
ソフトウェア活用した計算事例集(CD)をご案内します。

タイトル: Protein DFによるタンパク質量子化学計算事例集
     (ISBN 4-9902143-4-X C3845) 価格 2,100円(税込)
概要:「タンパク質の研究を新しいフェーズに導く「ProteinDF」による
タンパク質の全電子計算事例を多数収録しました.」

ご購入に関してのお問合せは、 office@advancesoft.jp までお願い致します。
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│4. 編集後記
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  去る10月28日(金)「戦略的革新シミュレーションソフトウェアの研究開発」
プロジェクト(「革新ソフト」プロジェクト)の第1回目ワークショップ 
「生命現象シミュレーション」が開催されました。
 「革新ソフト」プロジェクトは、2005年から東京大学生産技術研究所が
中核拠点となり開始される新しいプロジェクトです。「戦略ソフト」プロジェクト
の成果をさらに発展させマルチスケール・マルチフィジックス現象の
シミュレーション技術を核にした、基盤的ソフトウェアの研究開発を推進する
プロジェクトです。
 アドバンスソフトは、「戦略ソフト」プロジェクトに引き続き本プロジェクト
に関しても、東京大学生産技術研究所計算科学技術連携研究センター様
から受託を受けてプログラム開発をさせていただくこととなりました。
 さて、「革新ソフト」プロジェクトの第2回目のワークショップ「共通基盤」
は12月に予定されていますので、ご興味のある方はご参加されてはいかがで
しょうか。
「革新ソフト」プロジェクトについては、ホームページ 
http://www.rss21.iis.u-tokyo.ac.jp/ から情報発信が行われています。

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│5. アドバンスソフト株式会社についてhttp://www.advancesoft.jp/
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 アドバンスソフト株式会社は、文部科学省のITプログラム「戦略的基盤
ソフトウェアの開発」プロジェクトを推進するベンチャー企業として設立されました。
バイオ・ナノシミュレーション、熱・流体解析、構造解析、統合プラット
フォーム等、次世代シミュレーションソフトウェアの開発を東京大学生産
技術研究所計算科学技術連携研究センターと共に行なっております。
詳しい情報につきましては、ホームページをご覧ください。

 Advance/ProteinDF、Advance/BioStation、Advance/FrontSTR、
Advance/FrontFlow/red、Advance/FrontFlow/blue、Advance/PHASEは
東京大学生産技術研究所計算科学技術連携研究センターが実施した
文部科学省ITプログラム「戦略的基盤ソフトウェアの開発」プロジェクトの
成果(ソフトウェア)をアドバンスソフト株式会社が独自に改良したものです。
アドバンスソフト株式会社は「戦略的基盤ソフトウェアの開発」 プロジェクト
に参加しソフトウェアの開発を行いました。
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発行:アドバンスソフト株式会社   http://www.advancesoft.jp/
〒107-0052 東京都港区赤坂一丁目9番20号 第16興和ビル南館
TEL:03-5570-1680(代表) FAX:03-5570-1684
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